LR24ES15:Laboratoire Biologie Clinique et Moléculaire
LR24ES15
BioCliMol
Laboratoire Biologie Clinique et Moléculaire
Code: LR24ES15
Directeur: Pr. Salima Ferchichi
| Dénomination du Laboratoire |
Biologie Clinique et Moléculaire |
| Acronyme |
BioCliMol |
| Code LR |
LR24ES15 |
| Directeur du laboratoire |
Pr. Salima Ferchichi |
| Discipline |
Biochimie |
Qui sommes-nous ?
Le Laboratoire de Biologie Clinique et Moléculaire – LR24ES15, dirigé par la Professeure Salima Ferchichi, a été créé en 2024, à la suite de l’évolution de l’unité de recherche UR17ES29 fondée en 2017. Ce laboratoire réunit une équipe pluridisciplinaire composée de cliniciens, chercheurs, ingénieurs et bio-informaticiens, œuvrant ensemble pour explorer les mécanismes biologiques complexes liés à diverses pathologies humaines. Ancré dans une approche intégrée, le laboratoire combine des expertises en biologie moléculaire, génomique, épigénétique et intelligence artificielle. Les recherches menées s’articulent autour de cinq axes complémentaires : l’étude des maladies de surcharge lysosomale en Tunisie, avec un focus sur les mutations spécifiques et les anomalies métaboliques ; la thérapie personnalisée du cancer colorectal métastatique, intégrant biomarqueurs moléculaires, anticorps monoclonaux et antagomiRs ; l’identification de facteurs épigénétiques et de biomarqueurs prédictifs associés au trouble du spectre de l’autisme ; l’analyse des modifications épigénétiques et des ARN non codants dans les avortements spontanés à répétition ; et l’utilisation d’approches bioinformatiques pour l’analyse des variants génétiques et la prédiction de leurs impacts fonctionnels sur la stabilité des protéines et les interactions moléculaires. Cette dynamique collaborative et thématique confère au laboratoire une identité forte au service d’une recherche biomédicale innovante et pertinente.
Thèmes de recherche
Thème I : Fréquence, anomalies métaboliques et mutations spécifiques des maladies de surcharge lysosomale en Tunisie
Thème II : Thérapie personnalisée du cancer colorectal métastatique : approche IA intégrant biomarqueurs moléculaires, anticorps monoclonaux, et antagomiR
Thème III : Facteurs épigénétiques et biomarqueurs moléculaires prédictifs du trouble du spectre de l’autisme
Thème IV : Impact des modifications épigénétiques et des ARN non codants dans l’étiopathogénie des avortements spontanés à répétition
Thème V : Approches bioinformatiques pour l'analyse des variants génétiques et la prédiction des impacts fonctionnels sur la stabilité protéique et les interactions moléculaires.
Thème 1 : Fréquence, anomalies métaboliques et mutations spécifiques des maladies de surcharge lysosomale en Tunisie
- Axe 1.1. : Fréquence et distribution des maladies de surcharge lysosomale en Tunisie : Étudier l'incidence de ces maladies au niveau national et leur répartition géographique, en lien avec des facteurs génétiques et environnementaux.
- Axe 1.2 : Anomalies métaboliques associées aux mucopolysaccharidoses et oligosaccharidoses : Analyser les profils métaboliques spécifiques et les mécanismes sous-jacents, avec un accent sur les biomarqueurs diagnostiques et les implications cliniques.
- Axe 1. 3: Identification et comparaison des mutations génétiques spécifiques à la population tunisienne : Identifier les mutations liées aux maladies de surcharge lysosomale dans la population tunisienne et les comparer avec celles observées dans d'autres populations, en mettant en lumière les particularités locales.
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Nom et prénom |
Grade |
Adresse mail |
| Chef de Projet |
Salima Ferchichi |
Professeur |
trimechesaly@yahoo.fr |
| Chercheurs impliqués |
Yosra Hasni |
Professeur |
y.hasni@gmail.com |
| Amina Bouatay |
Professeur |
amina bouatayamina@yahoo.fr |
| Wael Bahia |
MA |
bahiawael@gmail.com |
| Nadia Leban |
MA |
lebannadia@yahoo.fr |
| Akram Alaya |
MA |
akram_alaya@yahoo.co.uk |
| Azza Dendana |
Post-Doc |
azzadandana@yahoo.fr |
| Etudiants impliqués |
Nouhé Alimi |
Doctorante |
Aliminouha12@gmail.com |
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Thème 2 : Thérapie personnalisée du cancer colorectal métastatique : approche IA intégrant biomarqueurs moléculaires, anticorps monoclonaux, et antagomiR
- Axe I : Identification et validation des biomarqueurs moléculaires dans le cancer colorectal métastatique
- Étudier les biomarqueurs moléculaires spécifiques du cancer colorectal métastatique, tels que les mutations génétiques, les altérations transcriptomiques et protéomiques, afin de mieux comprendre leur rôle dans la progression tumorale et la réponse aux traitements. Cette approche inclut l'utilisation de techniques comme le séquençage de nouvelle génération et la spectrométrie de masse pour identifier des signatures moléculaires pronostiques et théranostiques.
- Axe II : Application de l'intelligence artificielle et conception de systèmes d’aide à la décision pour la personnalisation du traitement
- Utiliser des outils d'intelligence artificielle (IA), tels que les réseaux neuronaux et les algorithmes d'apprentissage automatique, pour analyser les données biomoléculaires complexes du cancer colorectal métastatique. Cette approche permet de prédire les réponses thérapeutiques individuelles en fonction des profils moléculaires des tumeurs. De plus, la conception de systèmes d’aide à la décision, basés sur ces analyses, permettrait de guider les cliniciens dans le choix du traitement le plus adapté à chaque patient, optimisant ainsi l'efficacité thérapeutique et réduisant les risques de traitements inefficaces.
- Axe III : Développement d'anticorps monoclonaux ciblant des voies moléculaires clés.
- Explorer l'utilisation d'anticorps monoclonaux pour cibler des voies moléculaires spécifiques impliquées dans la progression du cancer colorectal métastatique, comme celles liées à la signalisation des récepteurs de croissance et à l'évasion immunitaire. Ce travail inclut l'identification de cibles thérapeutiques potentielles et l'optimisation des anticorps monoclonaux pour améliorer l'efficacité et la spécificité du traitement.
- Axe IV : Rôle des antagomiR dans la modulation de l'expression génique et le contrôle de la progression tumorale
- Étudier l'utilisation des antagomiRs (inhibiteurs des microARN) pour cibler des miARN impliqués dans la régulation de la progression du cancer colorectal métastatique. Cette approche thérapeutique permettrait de restaurer des voies de régulation génétique altérées et de prévenir la résistance aux traitements, en offrant une nouvelle voie pour la thérapie personnalisée.
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Nom et prénom |
Grade |
Adresse mail |
| Chef de Projet |
Wael Bahia |
MA |
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| Chercheurs impliqués |
Salima Ferchichi |
Professeur |
trimechesaly@yahoo.fr |
| Yosra Hasni |
Professeur |
y.hasni@gmail.com |
| Henda Chahed |
Professeur |
hendchahed05@gmail.com |
| Nadia Leban |
MA |
lebannadia@yahoo.fr |
| Akram Alaya |
MA |
akram_alaya@yahoo.co.uk |
| Ismael Soltani |
Post-Doc |
soltaniismael@yahoo.fr |
| Azza Dendana |
Post-Doc |
azzadandana@yahoo.fr |
| Etudiants impliqués |
Nouhé Alimi |
Doctorante |
Aliminouha12@gmail.com |
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Thème 3 : Facteurs épigénétiques et biomarqueurs moléculaires prédictifs du trouble du spectre de l’autisme
- Axe 1 : Étude des modifications épigénétiques associées à l’autisme
- Cet axe explore les mécanismes épigénétiques, notamment la méthylation de l'ADN, la modification des histones et l’action des ARN non codants, qui pourraient influencer l’expression des gènes impliqués dans les troubles du spectre de l’autisme (TSA). L’objectif est d’identifier des profils épigénétiques caractéristiques des patients.
- Axe 2 : Identification de biomarqueurs moléculaires précoces
- Il s’agit de rechercher des biomarqueurs détectables (ARN, protéines, métabolites) dans le sang ou d’autres fluides biologiques, permettant une détection précoce du TSA. L’enjeu est de faciliter le diagnostic avant l’apparition des signes cliniques manifestes.
- Axe 3 : Corrélation entre facteurs environnementaux et altérations épigénétiques
- Cet axe vise à étudier comment des facteurs environnementaux (polluants, alimentation, stress prénatal) peuvent induire des changements épigénétiques susceptibles de moduler le risque de développer un TSA. Il met en lumière l’interaction gène-environnement.
- Axe 4 : Développement de modèles bioinformatiques prédictifs
- L’objectif est de construire des modèles prédictifs en utilisant des données multi-omiques (épigénomique, transcriptomique, protéomique) et l’intelligence artificielle, afin d’anticiper la probabilité de TSA chez un individu. Cela ouvre la voie à une médecine personnalisée.
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Nom et prénom |
Grade |
Adresse mail |
| Chef de Projet |
Nadia Leban |
MA |
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| Chercheurs impliqués |
Salima Ferchichi |
Professeur |
trimechesaly@yahoo.fr |
| Yosra Hasni |
Professeur |
y.hasni@gmail.com |
| Henda Chahed |
Professeur |
hendchahed05@gmail.com |
| Wael Bahia |
MA |
bahiawael@gmail.com |
| Akram Alaya |
MA |
akram_alaya@yahoo.co.uk |
| Ismael Soltani |
Post-Doc |
soltaniismael@yahoo.fr |
| Sinda Slama |
Post-Doc |
slama.sinda@gmail.com |
| Azza Dendana |
Post-Doc |
azzadandana@yahoo.fr |
| Etudiants impliqués |
Malek Dargouthi |
Doctorante |
malekdargouthi@gmail.com |
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Thème 4 : Impact des modifications épigénétiques et des ARN non codants dans l’étiopathogénie des avortements spontanés à répétition
- Axe 1 : Analyse des profils de méthylation de l’ADN dans les tissus endométriaux
- Cet axe vise à étudier les altérations de la méthylation de l’ADN au niveau des gènes impliqués dans l’implantation embryonnaire et la tolérance immunitaire. Ces modifications pourraient perturber le dialogue materno-fœtal et favoriser les pertes gestationnelles précoces.
- Axe 2 : Rôle des microARN dans la régulation des gènes clés de la grossesse
- Ce volet se concentre sur l'identification de microARNs (miARNs) surexprimés ou sous-exprimés chez les femmes ayant des antécédents d’avortements spontanés à répétition. Ces petits ARN régulateurs peuvent moduler l'expression de gènes essentiels à la survie embryonnaire.
- Axe 3 : Étude des ARN longs non codants dans le remodelage utérin
- Cet axe explore la fonction des lncRNAs dans les processus de transformation déciduale, de vascularisation et d’accueil embryonnaire. Une dérégulation de ces ARN non codants pourrait compromettre la préparation de l’utérus à l’implantation.
- Axe 4 : Influence des facteurs épigénétiques sur l’immunité maternelle
- Ce dernier axe examine comment des modifications épigénétiques influencent la différenciation des cellules immunitaires (comme les cellules NK utérines ou les T régulatrices), essentielles pour la tolérance du fœtus. Un déséquilibre immunitaire pourrait être à l’origine des avortements récurrents.
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Nom et prénom |
Grade |
Adresse mail |
| Chef de Projet |
Yosra Hasni |
Professeur |
y.hasni@gmail.com |
| Chercheurs impliqués |
Salima Ferchichi |
Professeur |
trimechesaly@yahoo.fr |
| Anis Haddad |
Professeur |
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| Henda Chahed |
Professeur |
hendchahed05@gmail.com |
| Nadia Leban |
MA |
lebannadia@yahoo.fr |
| Akram Alaya |
MA |
akram_alaya@yahoo.co.uk |
| Wael Bahia |
MA |
bahiawael@gmail.com |
| Ismael Soltani |
Post-Doc |
soltaniismael@yahoo.fr |
| Azza Dendana |
Post-Doc |
azzadandana@yahoo.fr |
| Etudiants impliqués |
Oumaima Takrouni |
Doctorante |
oumaymatakrouni43@gmail.com |
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Thème 5 : Approches bioinformatiques pour l'analyse des variants génétiques et la prédiction des impacts fonctionnels sur la stabilité protéique et les interactions moléculaires.
- Axe 1 : Détection et annotation fonctionnelle des variants génétiques
- Ce volet vise à identifier les mutations à partir de données de séquençage (WES/WGS) et à les annoter à l’aide d’outils bioinformatiques comme ANNOVAR ou VEP. L’objectif est de distinguer les variants pathogènes des variants bénins.
- Axe 2 : Modélisation structurelle des effets des variants sur la stabilité des protéines
- Cet axe se concentre sur la prédiction de l’impact des mutations non synonymes sur la structure tridimensionnelle et la stabilité des protéines à l’aide de logiciels comme FoldX, I-Mutant ou AlphaFold. Cela permet de comprendre les altérations fonctionnelles potentielles.
- Axe 3 : Analyse des interactions moléculaires affectées par les mutations
- L’objectif ici est d’évaluer comment les variants peuvent perturber les interactions protéine-protéine ou protéine-ADN. Des outils comme HADDOCK, ClusPro ou PyMOL permettent de simuler et visualiser les modifications dans les réseaux d’interaction.
- Axe 4 : Intégration des données multi-omiques pour une prédiction fonctionnelle globale
- Cet axe propose de combiner les données génomiques, transcriptomiques et protéomiques dans des pipelines bioinformatiques intégrés. L’analyse multi-niveaux permet d’évaluer plus précisément les conséquences biologiques d’un variant génétique
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Nom et prénom |
Grade |
Adresse mail |
| Chef de Projet |
Wael Bahia |
MA |
bahiawael@gmail.com |
| Chercheurs impliqués |
Salima Ferchichi |
Professeur |
trimechesaly@yahoo.fr |
| Yosra Hasni |
Professeur |
y.hasni@gmail.com |
| Henda Chahed |
Professeur |
hendchahed05@gmail.com |
| Nadia Leban |
MA |
lebannadia@yahoo.fr |
| Akram Alaya |
MA |
akram_alaya@yahoo.co.uk |
| Ismael Soltani |
Post-Doc |
soltaniismael@yahoo.fr |
| Azza Dendana |
Post-Doc |
azzadandana@yahoo.fr |
| Etudiants impliqués |
Nouhé Alimi |
Doctorante |
Aliminouha12@gmail.com |
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Techniques maitrisées
Techniques de biologie moléculaire
- Extraction d’ADN, d’ARN et de protéines à partir de divers types d’échantillons biologiques
- PCR, RT-PCR, qPCR (quantitative PCR)
- PCR multiplex et PCR allèle-spécifique
- Séquençage Sanger
- Séquençage de nouvelle génération (NGS) : préparation de librairies, analyse de panels ciblés
- Électrophorèse sur gel d’agarose et de polyacrylamide
Techniques d’analyse génétique et épigénétique
- Méthylation de l’ADN : bisulfite sequencing, MS-PCR
- Analyse des modifications histoniques (ChIP-qPCR, ChIP-seq)
- Profilage des ARN non codants (miRNA, lncRNA) par RT-qPCR ou NGS
- Génotypage de variants par HRM ou TaqMan
- Dosage de l’expression génique différentielle
Techniques en protéomique et immunologie
- Western blot
- ELISA
- Immunoprécipitation
- Immunohistochimie (IHC)
Bioinformatique et analyse de données
- Analyse de données de séquençage (NGS) : alignement, appel de variants, annotation (BWA, GATK, ANNOVAR)
- Prédiction de l’effet des mutations sur la structure et la stabilité protéique (PolyPhen, SIFT, I-Mutant)
- Outils de visualisation et annotation des réseaux de gènes (Cytoscape, STRING)
- Analyse d'expression différentielle (DESeq2, EdgeR)
- Outils IA appliqués à la classification de biomarqueurs (R, Python, Scikit-learn)
Equipements
- Systèmes de PCR (Thermocycleurs)
- qPCR (PCR en temps réel)
- Électrophorèse sur gel + transilluminateur UV/LED
- Système de documentation de gels
- Nanodrop / Spectrophotomètre pour la quantification des acides nucléiques
- Centrifugeuses réfrigérées
- Bain-marie, agitateurs, vortex
- Microscopes optiques
- Congélateurs -20°C et -80°C
- Système de Western blot complet
- Lecteur de microplaques ELISA